第三招，颁布《废刀令》《征兵公告》和秩禄处分。这一招破除了旧武士在经济、军事以及社会地位上的特权，有力地打破了幕府时代的旧秩序，为新的社会秩序形成奠定了基础。
这三招不可谓不狠，打得旧势力连连吐血。从衣食住行，到地位面子，给你来个一撸到底。虽然明治政府给了旧藩主和旧武士一定的赎买金，但是长期如寄生虫般生活的士族阶层既鄙视亲力亲为的农业劳动和商业买卖，又毫无一技之长；不少投资做生意的武士更是亏了本。马克思说过：“社会的变革总是以牺牲部分社会成员的利益为代价。”而在明治政府的新政下，被新时代牺牲掉的旧社会特权阶级如同从天上掉入地狱，生活境遇和社会地位的转变，让他们觉得自己成了被抛弃的一群人。就这样，伴随着明治维新改革的深入，明治时代的危机也开始积累。
与此同时，明治政府在对外事务上也出现了不和谐的声音。作为一个资源匮乏的岛国，日本明治政府从立国之初，就确立了对外扩张的基本国策。虽然解决了“干什么”的问题，但在“怎么干”的问题上，以西乡隆盛为首的势力主张先征服朝鲜，再图中国的对外扩展方针，他们因此被称为“征韩派”；但是从欧美考察回国的岩仓使节团在见识过欧美列强实力后，深知当时的日本还没有出兵朝鲜的实力，解决内政才是当务之急。这样，西乡派和归国后的维新派围绕着“库页岛问题”、“征韩问题”、“征台问题”进行了激烈的斗争。最终，西乡隆盛的萨摩征韩派失利，1873年，西乡辞职回乡，退出了明治政府。而这一次的退出，也奠定了西乡隆盛在当时日本国内反对派领袖的地位，也为之后的西南战争埋下了伏笔。
明治政府逐步废除士族特权，本就引发了士族的不满，而对外战争暂时被否决，向海外转嫁危机的途径也被堵死，士族宣泄不满的途径就剩下反对明治政府一条路了。而西乡的下野，使不满的士族们有了精神领袖和实战指挥官，让不平士族们的基层和高层得以结合，时局发展到这一步，西南战争已是不可避免了。
1877年1月29日夜，萨摩藩鹿儿岛，一群身着学生制服的人突然袭击了草弁田弹药库，抢走了里面的武器弹药。几天后，也就是1877年2月3日，鹿儿岛警察局拘捕了来自中央政府的密探，并得到其要刺杀西乡隆盛的情报。就此，整个萨摩藩的反抗情绪被彻底点燃了。
1877年2月，旧萨摩藩士族推举西乡隆盛为首领，发动了针对明治政府的武装叛乱。
2月21日在熊本城南的川尻，萨军先头部队与熊本镇台兵发生冲突，打响了西南战争的第一枪。
在2月13日正式举兵以前的2月6日，萨军就召开了一次作战会议，会上否决了西乡隆盛之弟西乡小兵卫提出的占领长崎以保证物资供应、阻止官军从水路攻击，并趁熊本镇台援救长崎时占领熊本，以期完全控制九州的提案，直接强攻熊本城。
朝廷方面对叛乱也有所防备，2月6日，陆军卿山县有朋就密令熊本镇台防备鹿儿岛暴动，12日又与伊藤博文（政府参议、工部卿）、川村纯义（海军大辅）进一步商议出兵，经太政大臣三条实美同意后进行了编制讨伐部队的准备。19日天皇颁布敕令，正式组成了由两个旅团编成的“征讨军团”，任命有栖川宫炽仁亲王为征讨总督，山县有朋陆军中将、黑田清隆陆军中将、川村纯义海军中将任参军。后征讨军团增至8个旅团，总计有步兵55个大队，炮兵6个大队，工兵1个大队，另有辎重兵、骑兵和其他部队，合计58858人。海军出动19艘军舰，兵员2280人。
2月21-23日的熊本攻略战中萨军受挫，于是决定分兵包围熊本，在此期间政府军已逐渐完成出兵准备。在熊本外围，萨军警戒部队与小仓来援的第十四联队（代理联队长乃木希典少佐）在植木、木叶一带爆发遭遇战，结果政府军战败，联队旗被夺。
2月22日萨军全军各部在川尻集结，政府军与萨军在熊本城下展开了激烈的攻防战，熊本镇台兵进行了顽强的抵抗，迫使萨军放弃了强攻熊本城计划，改为长期围困。然而，熊本攻坚战贻误了萨军战机，挫伤了萨军的锐气，而政府军却在这期间逐渐完成了出兵准备，第一和第二旅团已从福冈南下。
政府军于4月15日解了熊本之围。同日，萨军全线撤退，政府军跟踪追击。6月占人吉，7月克都城，8月取延冈，9月追至西乡叛军的巢穴鹿儿岛城山，经过23天的围城战斗，城山于9月24日被政府军攻破，西乡中弹后“徐徐跪坐，俨然正襟，向东遥拜”，请跟在后面的萨军大将别府晋介担任介错，斩下了自己的头颅……
历时8个月的西南战争，除却战争给交战双方以及社会经济带来的破坏和负面压力，在推动日本明治维新前进和近代日本的崛起方面起到了奠基式的作用。
西乡隆盛为代表的萨摩保守派的覆亡，代表着日本士族阶层的倒台。而幻想着“王政复古”的旧时代地主大名也就此打消了在政治上与资产阶级维新派一争高下的念头。经过这场战争，明治政府渡过了政权建立初期风雨飘摇的局面而日趋巩固，维新改革派也就此一举奠定了在日本全国的集权地位。
思想统一、步调一致的日本在大久保利通、木户孝允、山县有朋等人的领导下，迅速在政治、经济、社会、军事等各领域推行进一步的深化改革。日本的资本主义得以飞速发展，日本开始进入到向近代化国家稳步发展和对外扩张的快车道。
萌总裁决定亲自出巡朝鲜，并且在日本的这场最后的战争中，做点事情了。